हैकर न्यूज़ रैंकिंग का मूल सूत्र वर्षों से ज्ञात है, लेकिन अदृश्य कारकों और दंडों के बारे में प्रश्न बने रहे। शीर्ष 60 कहानियों के विश्लेषण से पता चला कि 20% फ्रंट-पेज कहानियों को विभिन्न तरीकों से दंडित किया जाता है। प्रकाशित सूत्र ज्यादातर सटीक है लेकिन इसमें महत्वपूर्ण बदलाव शामिल हैं। शीर्षक में "NSA" वाली किसी भी चीज़ को दंडित किया जाता है और यह तेजी से गिरती है, हालांकि अपडेट ध्यान दें कि HN अब इस विशिष्ट दंड को लागू नहीं करता। एक "विवादास्पद" कहानी को 40 टिप्पणियों तक पहुँचने के बाद गंभीर रूप से दंडित किया जाता है। लेखों को अपवोट स्कोर, सबमिशन के बाद के समय और विभिन्न दंडों के आधार पर स्कोर किया जाता है। क्योंकि समय का घातांक वोटों से बड़ा होता है, एक लेख का स्कोर अंततः शून्य हो जाता है। दक्षता के लिए, कहानियों को केवल कभी-कभी रीरैंक किया जाता है; जब अपवोट किया जाता है, तो वे उपयुक्त स्थानों पर चली जाती हैं। नए वोटों के बिना उच्च पदों पर अटकी कहानियों को रोकने के लिए, शीर्ष 50 कहानियों को बेतरतीब ढंग से चुना जाता है और हर 30 सेकंड में रीरैंक किया जाता है। पेजों को 90 सेकंड के लिए कैश भी किया जा सकता है। कच्चे स्कोर और #1 स्थान पूरे दिन बदलते रहते हैं। लेख तेजी से ऊपर जाते हैं फिर धीरे-धीरे गिरते हैं। देखा गया शिखर तेज है क्योंकि प्रारंभिक उच्च मतदान दरें गिरती हैं। कुछ लेख अच्छा स्कोर करते हैं लेकिन अधिक लोकप्रिय लेखों के पीछे अटक जाते हैं। दंड तेज गिरावट का कारण बन सकते हैं; उदाहरण के लिए, "Getting website registration completely wrong" को विवाद के लिए दंडित किया गया और गिरा दिया गया, जिससे अन्य कहानियाँ #1 पर पहुँच गईं। "Apple Maps" ने भी विवाद दंड के बाद अपना शीर्ष स्थान खो दिया। स्नैपचैट लेख पर इतना भारी जुर्माना लगाया गया कि यह चार्ट से बाहर हो गया। "Why you should never use Mongo DB" बेहद लोकप्रिय था लेकिन भारी दंड के कारण #7 के आसपास अटका रहा। विवाद दंड तेजी से उच्च पदों पर पहुँचने वाली कहानियों पर लागू होता है।