হ্যাকার নিউজ র্যাঙ্কিং-এর মৌলিক সূত্র سالগুলো থেকে পরিচিত, কিন্তু অদৃশ্য ফ্যাক্টর এবং শাস্তি সম্পর্কে প্রশ্ন বাকি ছিল। শীর্ষ ৬০টি গল্পের বিশ্লেষণে দেখা গেল যে ২০% ফ্রন্ট-পেজ গল্প বিভিন্ন উপায়ে শাস্তি পায়। প্রকাশিত সূত্রটি অধিকাংশই সঠিক কিন্তু উল্লেখযোগ্য সংশোধন অন্তর্ভুক্ত করে। শিরোনামে "NSA" থাকা যেকোনো বিষয় শাস্তি পায় এবং দ্রুত নিচে আসে, যদিও আপডেটে উল্লেখ আছে যে HN এখন এই নির্দিষ্ট শাস্তি প্রয়োগ করে না। একটি "বিতর্কিত" গল্প ৪০টি মন্তব্যের পর কঠোরভাবে শাস্তি পায়। আর্টিকেলগুলো আপভোট স্কোর, জমা দেওয়ার পর থেকে সময় এবং বিভিন্ন শাস্তির ভিত্তিতে স্কোর করা হয়। যেহেতু সময়ের ঘাতাংক ভোটের চেয়ে বড়, একটি আর্টিকেলের স্কোর অবশেষে শূন্যে চলে যায়। দক্ষতার জন্য, গল্পগুলো কেবল কখনো কখনো পুনঃক্রমবিন্যাস করা হয়; আপভোট পেলে সেগুলো উপযুক্ত স্থানে চলে যায়। নতুন ভোট ছাড়া উচ্চ অবস্থানে আটকে যাওয়া থেকে রক্ষা করার জন্য, শীর্ষ ৫০টি গল্প যাদুকরীভাবে নির্বাচন করা হয় এবং প্রতি ৩০ সেকেন্ডে পুনঃক্রমবিন্যাস করা হয়। পেজগুলিও ৯০ সেকেন্ডের জন্য ক্যাশ করা যেতে পারে। কাঁচা স্কোর এবং #১ স্থান সারাদিন পরিবর্তিত হয়। আর্টিকেলগুলো দ্রুত ওপরে চলে যায় তারপর ধীরে ধীরে নিচে আসে। পর্যবেক্ষিত শীর্ষবিন্দু দ্রুত কারণ প্রাথমিক উচ্চ ভোটিং হার পরে কমে যায়। কিছু আর্টিকেল ভালো স্কোর করে কিন্তু আরও জনপ্রিয় গল্পের পেছনে আটকে থাকে। শাস্তি দ্রুত পতনের কারণ হতে পারে; উদাহরণস্বরূপ, "Getting website registration completely wrong" বিতর্কের জন্য শাস্তি পেয়ে নিচে এসেছিল, ফলে অন্যান্য গল্প #১ এ পৌঁছেছে। "Apple Maps" ও বিতর্ক শাস্তির পর তার শীর্ষ স্থান হারিয়েছিল। স্ন্যাপচ্যাট আর্টিকেলটিতে এত ভारी শাস্তি দেওয়া হয়েছিল যে সেটি চার্ট থেকে বেরিয়ে পড়েছিল। "Why you should never use Mongo DB" অত্যন্ত জনপ্রিয় ছিল কিন্তু ভারী শাস্তির কারণে ৭ নম্বরের আশেপাশে আটকে থাকতে বাধ্য হয়েছিল। বিতর্ক শাস্তি দ্রুত উচ্চ অবস্থানে পৌঁছানো গল্পগুলোর ওপর প্রযোজ্য হয়।