一部のウイルスはアウトブレイクが収まると消えたように見え、再び出現します。科学者は常にそれらがどの動物に潜んでいるかを知っているわけではなく、それらが再びヒトに感染するのをどう防ぐかも分かっていません。すべてのものはどこかから来ます。危険な新しいウイルスは通常、動物から来ます。ヒトインフルエンザウイルスは野生の水生鳥類から来ます。ハンタウイルスはげっ歯類から来ます。エムポックスウイルスもげっ歯類から来ます（リスを含む）。パンデミックを引き起こした形のHIVはチンパンジーから来ました。ウイルスは細胞生物の細胞内でのみ複製できるため、動物ウイルスがヒトに適応する可能性が最も高くなります。動物の起源を特定することで、科学者は感染がどのように、どこで起こったかを推測し、予防策を導くことができます。1998年、ニパウイルスがマレーシアで人々を殺し始め、ブタ農場の上にある果樹園に引き寄せられた果実コウモリに遡及されました。森林伐採がコウモリを果樹園へ追いやり、ブタへの感染とヒトへの感染拡大を招きました。果樹園とブタ農場を分離することで、将来のアウトブレイクを防ぐのに役立ちました。エボラウイルスについては、一般的にコウモリ由来と言われますが、証拠は不足しています。エボラは中部および西アフリカで数十回のアウトブレイクを引き起こし、現在のコンゴ民主共和国でのアウトブレイクでは7,400例を超えています。ウイルスが生息する動物の種類はリザーバーホスト（保有宿主）と呼ばれます。ウイルスがヒトに感染するとき、それはスピルオーバー（感染拡大）と呼ばれます。これらの概念はアウトブレイク制御に不可欠ですが、予防のための最も重要な疑問は未解決のままです。