कुछ वायरस प्रकोप कम होने पर गायब होते प्रतीत होते हैं, केवल फिर से उभरने के लिए। वैज्ञानिक हमेशा नहीं जानते कि वे किन जानवरों में छिपे हैं — और उन्हें मनुष्यों में वापस फैलने से कैसे रोका जाए। हर चीज कहीं न कहीं से आती है। खतरनाक नए वायरस आमतौर पर जानवरों से आते हैं। मानव इन्फ्लूएंजा वायरस जंगली जलीय पक्षियों से आते हैं। हंतावायरस कृन्तकों से आते हैं। मंकीपॉक्स वायरस भी कृन्तकों से आता है, जिसमें गिलहरियाँ शामिल हैं। महामारी पैदा करने वाले एच.आई.वी. का रूप चिंपैंजी से आया। वायरस केवल कोशिकीय जीवों की कोशिकाओं में दोहराव कर सकते हैं, जिससे पशु वायरस मनुष्यों के अनुकूल होने की सबसे अधिक संभावना रखते हैं। पशु स्रोत की पहचान वैज्ञानिकों को यह अनुमान लगाने की अनुमति देती है कि स्थानांतरण कैसे और कहाँ हुआ, जिससे रोकथाम के उपायों का मार्गदर्शन होता है। 1998 में, निपाह वायरस ने मलेशिया में लोगों को मारना शुरू किया, जिसका पता आम के बागों की ओर आकर्षित फलों वाले चमगादड़ों से लगा, जो सुअर फार्मों के ऊपर थे। वनों की कटाई ने चमगादड़ों को बागों की ओर धकेला, जिससे सुअरों में संक्रमण हुआ और मानवों में फैलाव हुआ। बागों को सुअर फार्मों से अलग करने से भविष्य के प्रकोपों को रोकने में मदद मिली। इबोलावायरस के लिए, सामान्य ज्ञान कहता है कि वे चमगादड़ों से आते हैं, लेकिन सबूत की कमी है। इबोला ने मध्य और पश्चिम अफ्रीका में दर्जनों प्रकोप पैदा किए हैं, वर्तमान डीआरसी प्रकोप में 7,400 से अधिक मामले हैं। वह जानवर जिसमें एक वायरस रहता है, उसे रिजर्वायर होस्ट कहा जाता है। जब वायरस मानव में जाता है, तो इसे स्पिलओवर कहा जाता है। ये अवधारणाएं प्रकोप नियंत्रण के लिए महत्वपूर्ण हैं, हालांकि रोकथाम के लिए सबसे महत्वपूर्ण सवाल अनुत्तरित रहता है।