Полигенные оценки риска (PRS) предсказывают риск заболевания на основе генетических вариантов, но их клиническое использование ограничено, поскольку исторические полногеномные исследования ассоциаций (GWAS) были сосредоточены на европейских когортах, что приводит к снижению точности в неевропейских популяциях. Различия в генетических архитектурах и частотах аллелей способствуют этой проблеме, а проведение новых GWAS дорого. Перенос обучения из существующих европейских GWAS, дополненный данными целевой популяции, предлагает решение.

Это исследование оценило эффективность PRS в целевой неевропейской популяции, варьируя размеры целевой и европейской популяций по восьми клиническим признакам. Используя UK Biobank (UKB) и Biobank Japan (BBJ), который включает почти 200 тысяч японских индивидов, исследователи провели эксперименты по абляции наборов данных. Признаки включали индекс массы тела (ИМТ), артериальное давление, уровни холестерина и количество клеток крови.

Были протестированы три метода: прямая переносимость вариантов с использованием GWAS открытия UKB с эластичной сетью, мета-анализ, объединяющий японские данные во время открытия вариантов, и PRS-CSx для обработки разнообразия неравновесия по сцеплению. Модели оценивались на удержанных образцах BBJ. Результаты показали, что больше данных не всегда лучше для кросс-популяционного прогнозирования PRS, предоставляя эмпирические рекомендации для оптимизации прогностической эффективности в целевых популяциях.

Ключевые объекты: Компании: Google | Места: UK Biobank, Biobank Japan