Avant le lancement de l'iPhone Duo, Mark Gurman de Bloomberg a rapporté qu'Apple envisageait un nouvel Apple Pencil pour l'iPhone Duo, bien qu'il soit peu probable que l'entreprise poursuive ce projet. La keynote de l'iPhone Duo a confirmé la prise en charge de l'Apple Pencil USB-C. Apple avait conçu le Duo pour être compatible avec l'Apple Pencil et avait initialement prévu un modèle plus petit à fixer sur le côté de la charnière.

Selon Gurman, ce crayon a rencontré des problèmes techniques avant la production de masse, ce qui a conduit Apple à l'annuler et à adopter l'Apple Pencil USB-C traditionnel. Après la keynote, le site web d'Apple a indiqué que la prise en charge de l'Apple Pencil ne serait pas disponible au lancement car le Duo n'avait pas été initialement conçu pour l'Apple Pencil USB-C, nécessitant des tests approfondis. Apple a déclaré que la prise en charge serait prête d'ici la fin de 2026, avec des mises à jour logicielles et des tests de compatibilité interne actuellement en cours.

Il reste incertain si les problèmes techniques proviennent du crayon lui-même ou de la capacité de charge magnétique du Duo. Si c'est le premier cas, Apple pourrait toujours sortir cet accessoire plus tard.