iPhone Duoの発売前に、ブルームバーグのマーク・ガーマンは、アップルがiPhone Duo向けの新しいApple Pencilを検討していると報じたが、同社がこれを進める可能性は低いと見られていた。iPhone Duoの基調講演では、USB-C対応Apple Pencilのサポートが確認された。アップルはDuoをApple Pencilと互換性があるように設計しており、当初はヒンジ側に取り付けられる小型モデルを計画していた。ガーマンによると、このペンシルは量産前に技術的な問題に直面し、アップルはこれを中止して従来のUSB-C Apple Pencilを採用した。基調講演後、アップルのウェブサイトでは、Duoが当初USB-C対応Apple Pencilを想定して設計されていないため、発売時にApple Pencilのサポートは利用できず、広範なテストが必要であると指摘された。アップルは、サポートが2026年末までに準備できることを述べ、ソフトウェアアップデートと内部互換性テストが現在進行中であると説明した。技術的な問題がペンシル自体に起因するのか、Duoの磁気充電機能に起因するのかはまだ不明である。前者の場合、アップルは後日このアクセサリーを発売する可能性がある。