Sebelum peluncuran iPhone Duo, Mark Gurman dari Bloomberg melaporkan bahwa Apple sedang mempertimbangkan Apple Pencil baru untuk iPhone Duo, aunque kemungkinan perusahaan melanjutkannya kecil. Pengumuman utama iPhone Duo mengonfirmasi dukungan untuk Apple Pencil USB-C. Apple telah mendesain Duo agar kompatibel dengan Apple Pencil dan awalnya berencana membuat model yang lebih kecil yang dapat dipasang di sisi engsel.

Menurut Gurman, pensil ini mengalami masalah teknis sebelum produksi massalih, sehingga Apple membatalkannya dan mengadopsi Apple Pencil USB-C tradisional. Setelah pengumuman utama, situs web Apple mencatat bahwa dukungan Apple Pencil tidak akan tersedia saat peluncuran karena Duo tidak awalnya dirancang untuk Apple Pencil USB-C, yang membutuhkan pengujian ekstensif. Apple menyatakan bahwa dukungan akan siap pada akhir 2026, dengan pembaruan perangkat lunak dan tes kompatibilitas internal yang sedang berjalan.

Masih belum jelas apakah masalah teknis tersebut berasal dari pensil itu sendiri atau dari kemampuan pengchargan magnetik Duo. Jika yang pertama, Apple mungkin masih akan meluncurkan aksesoris ini di kemudian hari.