Un dossier secret partagé avec le New York Times par une agence de renseignement du Moyen-Orient fournit des preuves du développement d'armes chimiques par l'armée soudanaise en 2024, renforçant les allégations américaines qui manquaient depuis longtemps de preuves publiques. Les documents comprennent des plans de bombes, des vidéos de scorpions morts, des bonbonnes de chlore et des communications interceptées liant le général Abdel Fattah al-Burhan au programme. Une partie du chlore provenait prétendument d'un centre de traitement d'eau civil utilisé par des groupes d'aide, avec des photos montrant des efforts de fabrication de bombes contre les Forces de soutien rapide.

Des responsables américains ont examiné les documents en janvier 2025 pour une évaluation du renseignement, bien que l'armée soudanaise ait nié les allégations comme infondées et menacé d'intenter une action en justice contre le Times. Les experts affirment que la vérification nécessite une enquête sur le terrain, et l'OIAC demande des éclaircissements au Soudan. Les États-Unis ont imposé un second tour de sanctions en juin 2025 ciblant l'utilisation d'armes chimiques, citant l'implication directe d'al-Burhan, dans le cadre d'une poussée plus large pour un cessez-le-feu dans un conflit qui a déplacé plus de 12 millions de personnes depuis 2023.

Bien que les deux camps fassent face à des accusations de crimes de guerre, les pires atrocités ont été attribuées au groupe paramilitaire FSR.