जैसे ही गेमक्यूब 25 साल का हुआ, इसके कंट्रोलर की विरासत बरकरार है। इसके बाद निन्टेंडो ने विभिन्न इनपुट विधियों के साथ प्रयोग किया, लेकिन इसके बाद के हर होम कंसोल ने आधिकारिक तौर पर गेमक्यूब पैड का समर्थन किया है, और कंपनी ने इसे कई संस्करणों में फिर से जारी किया है।

कंट्रोलर में एक अनोखा लेआउट है: एक ओवरसाइज़्ड हरा A बटन, एक छोटा लाल B बटन, और दो किडनी के आकार के X और Y बटन। इससे बिना देखे यह महसूस करना आसान हो जाता है कि आपकी उंगली किस बटन पर है। L और R बटन एनालॉग हैं, जो लगाए गए बल पर प्रतिक्रिया करते हैं। सुपर मारियो सनशाइन में, R को आधा दबाने पर मारियो चलते हुए पानी की बौछार करता है, जबकि पूरी तरह दबाने पर वह जगह पर लॉक हो जाता है।

प्राइमरी थंबस्टिक में एक ऑक्टागोनल गेट है, जिससे विशिष्ट दिशाओं को सटीक रूप से इनपुट करना आसान हो जाता है। सुपर मंकी बॉल और सोलकैलिबर II जैसे शीर्षकों में यह सटीकता महत्वपूर्ण है।

कंट्रोलर को सुपर स्मैश ब्रदर्स मेली से अलग करना असंभव है, जो गेमक्यूब का सबसे ज्यादा बिकने वाला शीर्षक है और जिसने एक विशाल प्रतिस्पर्धी दृश्य को जन्म दिया। जब 2018 में सुपर स्मैश ब्रदर्स अल्टीमेट निन्टेंडो स्विच पर आया, तो निन्टेंडो ने एक अपडेटेड एडॉप्टर बेचा ताकि खिलाड़ी क्लासिक पैड का उपयोग जारी रख सकें।