গেমকিউব ২৫ বছরে পা দিলে এর কন্ট্রোলারের ঐতিহ্য অক্ষুণ্ণ। নিন্টেন্ডো এরপর বিভিন্ন ইনপুট পদ্ধতির সাথে পরীক্ষা-নিরীক্ষা করলেও এর পরবর্তী প্রতিটি হোম কনসোল অফিশিয়ালি গেমকিউব প্যাড সমর্থন করেছে, এবং কোম্পানিটি এটিকে একাধিক সংস্করণে পুনরুৎপাদন করেছে।

কন্ট্রোলারের একটি অনন্য লেআউট রয়েছে: একটি ওভারসাইজড সবুজ A বাটন, একটি ছোট লাল B বাটন, এবং দুটি কিডনি আকারের X এবং Y বাটন। এটি না দেখেই আঙুল কোন বাটনে আছে তা অনুভব করা সহজ করে তোলে। L এবং R বাটনগুলি এনালগ, প্রয়োগ করা বলের মাত্রা অনুযায়ী প্রতিক্রিয়া জানায়। সুপার মারিও সানশাইন-এ, R আধা চাপালে মারিও হাঁটতে হাঁটতে পানি ছিড়াতে পারে, আর পুরো চাপালে সে জায়গায় লক হয়ে যায়।

প্রাইমারি থাম্বস্টিকে একটি অক্টাগোনাল গেট রয়েছে, যা নির্দিষ্ট দিক সঠিকভাবে ইনপুট করা সহজ করে তোলে। সুপার মাঙ্কি বল এবং সোলক্যালিবার II এর মতো টাইটেলে এই নির্ভুলতা অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ।

কন্ট্রোলারকে সুপার স্ম্যাশ ব্রাদার্স মেলি থেকে আলাদা করা অসম্ভব, যা গেমকিউবের সর্বाधিক বিক্রি হওয়া টাইটেল এবং যেটি একটি বিশাল প্রতিযোগিতামূলক দৃশ্য সৃষ্টি করেছে। ২০১৮ সালে সুপার স্ম্যাশ ব্রাদার্স अल্টিমেট নিন্টেন্ডো সুইচ-এ আসার সময়, নিন্টেন্ডো একটি আপডেটেড অ্যাডাপ্টার বিক্রি করেছিল যাতে খেলোয়াড়রা ক্লাসিক প্যাড ব্যবহার চালিয়ে রাখতে পারে।