بعد 11 سبتمبر، واجه المسلمون في نيويورك من التشكك والتمييز والمراقبة، مما دفع تنسيق المجتمع. استضافت المساجد الاستشارات القانونية، وتحولت الأعمال الصغيرة إلى مراكز حقوق المواطنة، وتكونت تحالفات غير مسبوقة بين الجماعات المسلمة المتنوعة. ساعد هذا التنظيم في انتخاب زوهران مامداني كأول نائب مسلم في المدينة. يُعد موراد أواوده حالياً رئيساً لـ New York Immigration Coalition، ترك الكيمياء الحيوية للحقوق المدنية بعد أن شاهد الرفض بعد 11 سبتمبر عندما كان في الثانية عشرة من عمره. لاحظت أفاف ناشر من CAIR-NY أن المسلمين الأمريكيين كانوا في الغالب غير نشطين سياسياً قبل 11 سبتمبر، لكنهم ردوا عندما أصبحوا هدفاً. وعلى الرغم من التقدم، تبقى التحديات قائمة: مراقبة الشرطة، وتمييز ضد التعبير الديني مثل الحجاب، والرد الفوضوي على الدعوة لغزا. كما أن السيخ المشاهدين يتأثرون أيضاً بسبب الهوية الخاطئة. قدم أسعد دانديا دعوى ضد NYPD بخصوص مراقبة أحياء مسلمة بمساعدة من CIA. أعادت حرب غزة إيقاظ خوف أن يُوصف كمتوافر للإرهاب، مستحضرة الكراهية بعد 11 سبتمبر.