iPhone Duo akan berfungsi dengan Apple Pencil, tetapi dukungannya terbatas. Apple mengatakan bahwa Anda memerlukan Apple Pencil dengan USB-C untuk iPhone Duo, jadi jika Anda memiliki Apple Pencil Pro, Anda mungkin kurang beruntung. Kemungkinan iPhone Duo tidak mendukung Apple Pencil Pro karena tidak ada permukaan magnetis untuk mengisi daya pena.

Apple Pencil Pro mengisi daya secara magnetis saat terhubung ke iPad yang kompatibel, sedangkan Apple Pencil dengan USB-C mengisi daya melalui port USB-C yang tersembunyi di balik tutup geser. Apple Pencil dengan USB-C tidak mendukung sensitivitas tekanan, ketuk dua kali, putaran badan, umpan balik haptik, remasan, atau Find My, tetapi memiliki sensitivitas kemiringan. Apple mengenakan biaya $79 untuk Apple Pencil dengan USB-C dan $129 untuk Apple Pencil Pro.

Apple mengatakan bahwa Apple Pencil akan berfungsi dengan layar dalam dan luar iPhone Duo. Ini adalah iPhone pertama yang berfungsi dengan Apple Pencil. Dukungan Apple Pencil tidak akan tersedia tepat saat iPhone Duo diluncurkan, dan Apple mengatakan akan hadir akhir tahun ini. iPhone Duo akan diluncurkan pada 23 Oktober, dengan pra-pemesanan dimulai pada 16 Oktober.